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Au niveau des contrôles, le Virtual Boy possède une manette symétrique et plutôt ergonomique pour interagir avec ses mondes tridimensionnels. D’abord, on y retrouve l’emplacement pour les piles (qui peut aussi être équipé d’un adapteur pour le brancher directement à une fiche murale), en plus de l’interrupteur pour démarrer la machine. Sur la face principale de la manette, on retrouve les désormais classiques boutons A, B, Start et Select et sur le verso, les boutons L et R, à utiliser avec les index. Une croix directionnelle se retrouve également de chaque côté de sa face principale pour permettre au joueur de mieux naviguer dans les univers en trois dimensions^[4].